Les réserves naturelles sont placées sous l'autorité de l'état, représenté par le Préfet du département. Il désigne un gestionnaire qui va assurer la présence de professionnels de la nature sur le terrain. Responsables de la gestion et de la surveillance du milieu, ceux-ci rendent compte régulièrement de son évolution.

Le Préfet est assisté par un comité consultatif. Élus locaux, propriétaires, usagers, des terrains, scientifiques, responsables d'associations de protection de la nature, socioprofessionnels... Tous les partenaires y sont réunis et peuvent se faire entendre.