L'histoire se passe sur un monde appelé Gaïa, une planète où la Terre est visible dans le ciel. Sur Gaïa, le Clan du Dragon Noir commence à envahir les territoires voisins afin de conquérir et dominer la planète.

Parmi les royaumes détruits par le Dragon Noir se trouve celui du jeune prince Van. Furieux de cette invasion, ce descendant du peuple Dragon aux ailes blanches se bat contre le Dragon Noir pour tenter de sauver Gaïa. Van se trouve sous la protection d'Abaharaki, le chef d'un pays voisin qui lutte lui aussi contre le Dragon Noir. Mais Van est rebelle et solitaire, et reste fermé aux autres.

Le Dragon Noir vient de découvrir une arme terrible: une armure Dragon qui, selon la légende, aurait dévasté Gaïa lors d'une ancienne guerre. Le Dragon Noir projette de s'approprier et de ranimer cette arme puissante. Afin d'empêcher le Dragon Noir de s'emparer de cette force extraordinaire, Abaharaki attaque.

Pendant ce temps, sur Terre, une jeune fille souhaite disparaître. Quelque chose a blessé Hitomi, et elle semble avoir perdu toute envie de vivre. Quand son attitude finit par blesser sa meilleure amie, Hitomi est complètement dégoûtée d'elle-même. "J'aimerais pouvoir disparaître..."

Comme en réponse à sa prière, elle entend une voix. Une force mystérieuse arrache Hitomi de la Terre et la mène sur Gaïa. Que verra Hitomi dans ce monde étrange? La destruction totale ou une renaissance? Hitomi ne sait pas qu'elle est la clé du destin de ce monde.

Et l'autre clé du destin de Gaïa, la légendaire armure Dragon, ressuscite maintenant devant Van.

La légendaire armure blanche... Son nom est Escaflowne.

Note: ceci est la présentation officielle de l'histoire du film distribué en 1999 pendant la production. Dans le film lui-même, Abaharaki n'est pas le nom d'un chef, mais d'un groupe de rebelles luttant contre le Dragon Noir. La différence pourrait venir d'un changement tardif dans le scénario, ou plus probablement d'une erreur de traduction depuis le texte japonais d'origine.