L'église Saint-Louis était, à l'origine, la chapelle d'un important couvent de Frères mineurs, ou Franciscain ou encore Cordeliers comme on les appelait alors en raison de la corde qui leur servait de ceinture. Ceux-ci arrivèrent assez tôt en Provence, probablement à Hyères au cours de l'année 1230. Mais ces premiers établissements furent sommaires, de faible effectif et de caractère provisoire, conformément aux usages que leur ordre maintint généralement jusqu'en 1260. C'est à partir de cette date que les Franciscains, sous l'impulsion de Saint-Bonaventure, s'organisèrent en grands couvents. Ce fut sans doute le cas de Hyères.
Mais ici la construction d'un grand couvent se fit dans un site déja fortement imprégné de spiritualité franciscaine. Dès les années 1240, frére Huqgues de Digne, cordelier Hyerois, était connu, bien au delà des frontiéres de la Provence, comme grand predicateur et grand clerc. Sous sa direction spirituelle, sa soeur Douceline, Sainte Douceline, fonda à Hyères les "Dames du Roubaud", premier établissement de béguines provençales. Et, stimulés par sa prédication: "allez dans les bois et apprenez à vous nourrir de racines, car les tribulations approchent", deux hyérois fondérent "les frères de la pénitence du Christ" appelés "Sachets" à cause du manteau en toile de sac qu'ils portaient.
Hugues eut l'occasion de prêcher à Lyon, en 1244, devant le pape et les cardinaux, et à Hyères en 1254, devant Sant-Louis à son retour de Terre Sainte. Il mourrut en 1255 ou 1256, et sa soeur Douceline en 1274, laisssant la Provence et notamment Hyères marqués d'une forte empreinte franciscaine.
A la fin du 13em siècle, les fréres mineurs disposent donc à Hyères d'une grande église située dans le "bourg-neuf", le quartier le plus récent et le plus actif de la ville. Trés vite, des laics demandent à être enterrés dans leur cimetière. Dés 1230, la famille de Fos a un tombeau, peut-être déja deux, plaqués contre la facade. A partir de la deuxiéme moitié du 14em siècle, les franciscains Hyérois se trouvent en concurrence dans plusieurs domaines avec le clergé de l'église Saint-Paul, d'où un compromis signé en 1371. Les premières chapelles latérales nord, fondation votives ou funéraires, datent sans doute de cette époque.
En 1517, lorsqu'intervinet la séparation entre "observants" (plus stricts sur l'application de la règle primitive) et les "conventuels" (plus proches d'une vie canoniale), les franciscainc d'Hyeres s'intègrent tout naturellement dans la province conventuelle de Provence, placée sous le patronage de Saint-Louis d'Anjou (fils du comte de Provence Charles II, nommé évêque, il avait tenu à devenir d'abord frère mineur).
Le 29 mai 1589, Barthélémy Boutiny, ardent ligueur, fait irrution dans l'église accompagné d'hommes armés et interrompant l'office, exhorte -vainement- la peuple à la révolte. De fiat, pendant les guerres de Religion, la ville resta assez constament fidéle au roi, et le 1er novembre 1589, c'est à Hyères, et justement dans l'église des cordeliers, que Charles IX, faisant alors le tour de la France avec sa cour, toucha les malades avec des écrouelles venus de toute la région.
