Chevalier de la Légion d'honneur en raison des services rendu dans la résistance, le commandant Cousteau est promu au rang d'Officier et de Commandant pour ses actions scientifiques. Un des rares membres étrangers de l'Académie des sciences des Etats-Unis, le commandant a été, pendant trois décennies, directeur du musée océanographique de Monaco. En 1977, les Nations unies lui décernent le prix international pour l'environnement (avec Sir Peter Scott). Il reçoit la médaille de la liberté du président des Etats-Unis en 1985.

En 1987, le commandant reçoit le prix du Conseil international de l'Académie nationale des arts et sciences de télévision à New York. En 1988, il est installé au tableau d'honneur des individus qui se sont distingués exceptionnels dans la protection de l'environnement et reçoit le prix de la société National Geographic. En 1989, il est élu à l'Académie française. L'Institut Catalan des Etudes méditérranéennes à Barcelone lui décerne le prix Catalan international en 1991 et, en 1996, il accepte l'hommage du Smithsonian Institution et la médaille du bicentenaire James Smithson.