En 1832, durant un voyage, sur le bateau qui le ramenait d'un séjour en Europe, Samuel fit la connaissance du Dr Charles Thomas JACKSON, un scientifique qui faisait des recherches sur les applications de l'électroaimant. Ils parlèrent durant toute la traversée des possibilités de communications qui pourraient naître de cette découverte récente. Ce voyage fut une révélation pour MORSE qui avait maintenant une motivation formidable au point qu'il abandonna immédiatement la peinture pour se consacrer aux recherches dans le domaine des transmissions.

Il assembla des informations, fit des croquis, des schémas et rapidement, il aboutit à la conclusion qu'il allait avoir besoin, pour communiquer, d'un code représentant chaque lettre. Il choisit d'employer comme code un assemblage de points et de traits. Il étudia donc les mots anglais pour déterminer la fréquence des lettres. Aux plus fréquentes, il affecta un code simple. Aux moins fréquentes, le code était plus long et donc, plus compliqué. Plus tard, MORSE a ajouté les signes de ponctuation et les chiffres ce qui permettait d'envoyer ainsi des messages complets.
 

Parallèlement aux travaux sur le Code, Samuel travaillait avec plusieurs amis sur le moyen de transmettre l'information proprement dite : il conçut donc une machine qui peut transmettre un signal électrique et l'enregistrer à destination : le télégraphe (littéralement "qui écrit à distance") un électroaimant attirait un stylet encré sur une bandelette de papier qui avançait grâce à un système d'horlogerie gravant ainsi les "points" et les "traits". Testée à de nombreuses reprises dans son atelier, MORSE voulut montrer au monde, de manière spectaculaire, une communication électrique à longue distance. C'est le 24 mai 1844, au moyen de 160 miles de cables spécialement tendus entre Washington et Baltimore, que MORSE a envoyé à un de ses partenaires, Alfred VAIL, le premier message au moyen des techniques qu'il avait inventées : c'est un verset de la Bible "What Hath God Wrought" (Nb 23, 23) qui ont été les premiers mots envoyés par MORSE. Son assistant les a décodés sans problème et les lui a renvoyés pour confirmation. A ce moment, MORSE sut qu'il venait de révolutionner le monde des communications.

Cependant, l'invention de MORSE ne fut pas très bien accueillie par les autorités gouvernementales et ce furent des entreprises privées qui developpèrent les premières lignes télégraphiques sur le territoire américain.