Napoleón idea un plan para invadir Inglaterra. Mandar una escuadra Franco-Española a las Indias Occidentales , y cuando los ingleses manden sus fuerzas navales allí, la escuadra debe volver inmediatamente para unirse con otros barcos del Ferrol, Rochefort y Brest, y dirigirse al Canal de la Mancha donde controlará el desembarco, de 160.000 hombres en 2.000 buques de transporte, en Inglaterra.

Entonces Villeneuve, desatendiendo las órdenes de Napoleón, se dirige a Cádiz, donde llega el 20 de agosto de 1805.
Napoleón monta en cólera al enterarse, levanta el campamento donde estaban las tropas que debían desembarcar en Inglaterra, y se encamina a Austria.
Manda a Villeneuve que salga de Cádiz y se dirija a Cartagena en busca de refuerzos y de allí que parta a Nápoles. Pero los ingleses ya han bloqueado la salida de Cádiz.

             El 28 de septiembre se une a la fuerza de bloqueo inglesa Horatio Nelson, que coge el mando de Cuthbert Collingwood.
En los días siguientes Nelson invita a cenar a todos los capitanes. Estas cenas tienen un carácter informal y en ellas Nelson aprovecha para exponer su plan.
Dividirá su flota en dos divisiones, una de ellas atravesará la línea del enemigo entre la retaguardia y el centro y se concentrará en el tercio de la retaguardia.
La segunda división cortará la línea entre el centro y la vanguardia, concentrándose en los barcos del centro, de esta forma la vanguardia del enemigo tendrá que dar un círculo para volver y auxiliar al resto de la flota.
Collingwood dirigirá la división que atacará la retaguardia, y Nelson comandará el ataque por el centro, los demás capitanes tienen total libertad para causar mas daños a la escuadra franco-española.
A este plan Nelson lo llamó El Toque de Nelson.

" Si se descubre la escuadra enemiga al viento en línea de batalla, y que las dos columnas y la división de vanguardia pueden alcanzar esa línea, esta probablemente tendrá tal extensión, que la cabeza no podrá acudir al socorro de la cola. Por tanto es verosímil que haré la señal al segundo comandante de cortarla hacia el duodécimo navío, contando desde la cola, ó por donde pueda,
sino puede llegar a esa altura. Yo con mi columna atacaré hacia el centro y la división de vanguardia atacará dos, tres ó cuatro navíos mas arriba del centro, de manera a tener la seguridad de atacar el navío del comandante en jefe de la escuadra enemiga, buque que es preciso apresar a todo trance. El plan general de la escuadra británica debe ser el de estrechar todos los buques enemigos
desde el segundo ó tercero mas allá del comandante en jefe (suponiendo a este en el centro) hasta la cola de la línea ".
 

             Mientras, en Cádiz, Villeneuve no tiene muy claro lo que ha de hacer y el 8 de octubre celebra un consejo a bordo del Bucentaure donde intervienen :
Villeneuve, los Contra-Almirantes Dumanoir y Magon, y los capitanes de navío Cosmao, Maistral, Villegris y Prigny todos por parte francesa, y los tenientes Gravina y Alava,  jefes de escuadra Escaño y Cisneros, y brigadieres Galiano y Churruca, por parte española.
Desde el principio Villeneuve pretende que la escuadra salga de Cádiz, pero Gravina sensatamente le replica con las siguientes palabras:

" No apruebo, la salida del puerto de la escuadra combinada, porqué está muy avanzada la estación, y los barómetros anuncian mal tiempo, no tardaremos en tener vendaval duro, y por mi parte creo que, la escuadra combinada haría mejor la guerra a los ingleses fondeada en Cádiz, que presentando una batalla decisiva. Ellos tienen con qué reponer las naves que les destrocemos en un combate; pero ni España ni Francia cuentan con los recursos marítimos de guerra que la Inglaterra posee. Además: el reciente combate sobre cabo Finisterre ha hecho ver que la escuadra francesa es espectadora pasiva de las desgracias de la nuestra: sus buques han visto que nos apresaban los navíos
San Rafael y Firme, y no hicieron ni un movimiento para represarlos, no pudiendo hacerlo los nuestros por las muchas averías que sufrieron de resultas del encuentro, y me temo mucho que en la acción que vamos a tener suceda otro tanto...¿Por qué salir el almirante francés de la bahía de Cádiz?. Aquí obligaríamos á los ingleses á sostener un estrecho bloqueo, otro en Cartagena, donde hay armados fuerzas navales, y sobre Tolón también otro. Para estos bloqueos tendrían que hacer grandes sacrificios: con el sostenimiento de tres escuadras en un invierno que está próximo, y con las averías que forzosamente han de tener, conseguiríamos ventajas equivalentes a un combate".

Este comentario termina convenciendo a todos, y se acuerda permanecer en Cádiz hasta que las fuerzas inglesas disminuyan.
Nelson ordena atacar todo barco de avituallamiento que se dirige a  Cádiz, lo que agrava los problemas de la escuadra, que tiene dificultad de aprovisionarse al estar Andalucía recuperándose de la epidemia de fiebre amarilla que había matado a miles de personas y gran parte del ganado.
En cambio la flota de Nelson se prepara minuciosamente para el combate, las tripulaciones diariamente hacen prácticas de tiro, y la comida es generosa para todos.
Los ingleses sitúan fragatas a pocas leguas de Cádiz para controlar todos los movimientos de la escuadra y así no ser vistos los navíos que forman la flota británica y evitar que se pueda determinar el número de navíos que la componen.
Villeneuve recibe una carta del ministro francés Decrés informándole que se tiene que presentar en París y dejar su cargo a Rosilly que se encamina hacia Cádiz para relevarle.

          El 17 de octubre Villeneuve recibe información del servicio de inteligencia: 4 buques británicos salían al mediterráneo desde Gibraltar escoltando un convoy, y que otros 2 buques se hallaban en Gibraltar reaprovisionándose y sometidos a reparaciones.
Al día siguiente Villeneuve , pensando que la flota de Nelson se ha debilitado con las bajas de los barcos antes indicados, se decide sacar la escuadra de Cádiz y así intentar conseguir la reconciliación con el emperador.

          El 19 hace las convenientes señales para darse al mar toda la escuadra. Está compuesta por 33 navíos mientras que los ingleses tienen 27.
A las 06.00 horas aparece la señal <Izad velas y adelante>, al mediodía, con solo 7 barcos fuera, el viento desaparece y reina la calma, es necesario utilizar botes para remolcar el resto de la escuadra, al mediodía del 20 toda la escuadra se encuentra en mar abierto, en Cádiz se presiente la catástrofe y en la iglesia del Carmen es tal la cantidad de gente que acude a rezar, que se tienen que formar tandas para entrar.

El tiempo que había permanecido la escuadra en Cádiz había restado habilidad en los miembros de las tripulaciones, además los navíos no estaban suficientemente equipados. Los españoles se temen lo peor.

     El 19 a las 9'30 horas el Mars repite la señal ' El enemigo empieza a salir del puerto ' , entonces desde el Victory se iza la señal ' Persecución general, sudeste '. Nelson establece un sistema de seguimiento de la escuadra, manda colocar dos fragatas cerca del enemigo para que comuniquen los movimientos al Defence, este al Colossus, este al Mars y por fin desde el Mars al Victory. Las
comunicaciones durante la noche se hacen con luces.

          Durante el 20, la escuadra se dirige al sur, hacia el estrecho de Gibraltar, alejándose del cabo de Trafalgar. La formación es de 3 columnas, pero muy irregulares debido a la poca experiencia de las tripulaciones. A última hora de la tarde el viento sopla del oeste, lo que permite que los barcos giren y se encaminen directamente al estrecho, pero esta maniobra termina de desordenar la formación.
A las 19'00 horas en el Redutable se ven luces de señal de los barcos de Nelson, y se lo informa a Villeneuve, pero las comunicaciones en la escuadra combinada se hace mediante altavoz y hasta las 20'30 horas no llega el mensaje; Entonces Villeneuve ordena que la escuadra se coloque en línea de
batalla.

           Al amanecer del día 21, las dos flotas se distinguen claramente. A las 5'45 desde el Victory se transmite el mensaje para que la flota se divida en dos columnas. Entonces el General Gravina pide a Villeneuve permiso para obrar independientemente de la línea con la escuadra de observación que está á sus ordenes, el francés lo desaprueba, previniendo a Gravina que permanezca en la línea de batalla y subordinado á los movimientos generales.
Villeneuve ordena una virada por redondo á un tiempo en toda la línea, el efecto fue hacer la vanguardia retaguardia, y la retaguardia vanguardia. La línea se había roto dejando grandes claros al enemigo. Este movimiento lo realizó Villeneuve para tener Cádiz bajo el viento en el caso de una derrota.

Mientras, en el Victory, Nelson está en cubierta observando la escuadra combinada, el cirujano del barco observa que Nelson lleva las condecoraciones cosidas a la chaqueta, siendo un blanco fácil, pero antes de poder comunicarselo a Nelson, este se vuelve al grupo de oficiales para
desplegar un mensaje a toda la flota. ' Inglaterra espera que todo hombre cumplirá con su deber ' , y acontinuación ' Atacad al enemigo de cerca '.

                                                   En el San Juan Nepomuceno, Churruca mira por el telescopio el mástil del Bucentaure a la espera de una solución, como no se produce, sacude la cabeza y se dirige a su segundo al mando " Nuestra vanguardia será aislada del cuerpo principal y nuestra retaguardia se verá abrumada. La mitad de la línea estará obligada a permanecer inactiva. El almirante francés no lo entiende. Sólo ha de actuar con osadía, sólo ha de ordenar que los barcos de la vanguardia viren de nuevo a sotavento y se sitúen detrás de la escuadra de retaguardia. Eso colocaría al enemigo entre dos fuegos ", ¡Perdidos! ¡Perdidos! ¡Perdidos!.

                                               A las doce menos cuarto el San Agustín dispara un primer cañonazo, siguiéndole otro del Monarca. El Royal Sovereing manda la columna de sotavento, que es la primera en tomar contacto con la escuadra combinada.
El Royal Sovereing descubre una abertura entre el Santa Ana y el Fougueux, se introduce por ella y descarga una andanada contra el Santa Ana y contra el Fougueux. Ambos se reponen y responden al fuego.
El Santa Ana entonces se entabla con el Royal Sovereing, Alava, conociendo que su enemigo quiere pasar a sotavento, pone toda su gente a estribor.

            Mientras, el Victory se lanza entre los navíos Santísima Trinidad y Bucentaure, pero el general Cisneros junta el Santísima con el Bucentaure y no deja hueco por donde pasar, entonces el Victory se lanza contra el Bucentaure y el barco que tiene en popa, el Redoutable.
Villeneuve comienza a hacer señales a la división de vanguardia para que vire y venga a reforzar el centro de la línea de batalla, pero Dumanoir no quiere hacer caso de la orden.
Desde el Redoutable se intenta lanzar los garfios de sujeción por encima del Victory, para intentar el abordaje, pero el Victory es mas alto. Mientras en las cofas del navío francés los francotiradores barren la cubierta del Victory. Uno de ellos consigue dar a Nelson, que gravemente herido es bajado a la cubierta de sollado.

El Redoutable pierde el palo mayor y el de mesana, desaparece su castillo de popa y cinco sextas partes de su tripulación están fuera de combate; Tiene que arriar la bandera y es remolcado por el Swiftburne.
El Bucentaure se queda junto al Santísima Trinidad rodeado de barcos enemigos. Mas de la mitad de su tripulación y oficiales están heridos ó muertos, Villeneuve recorre la cubierta diciendo " Entre la carnicería que me rodea, ¿No hay una bala destinada a mí? ". Poco después arría su bandera.
El Santísima Trinidad se queda solo rodeado de siete navíos ingleses, pero todavía sostiene el fuego, el capitán del África envía un oficial a aceptar la rendición del navío, pero es cortésmente escoltado de vuelta a su bote y se reanudan los disparos por más de una hora, hasta , que ni para las bombas de achicar, ni para los cañones, hay hombres.
 

Entonces el barco se rinde. Es un bamboleante casco gigantesco y sin mástiles. Se niega a hundirse durante casi tres días, mientras los tripulantes de los barcos británicos Ajax y Revenge tiran a los muertos por la borda y bajan todos los heridos que pueden a los botes, pero el día 24 se rompen los cables de remolque y se hunde, de las escotillas asciende un aullido espantoso, es de los desgraciados que hay en la cubierta inferior.

La columna de observación, que cubre la retaguardia de la escuadra combinada, se ve envuelta por navíos que siguen a Collingwood. El principal objeto es el apresamiento del buque insignia del general Gravina, el Principe de Asturias. Este tiene que luchar contra los navíos Defiance y Revenge. El San Ildefonso, que se haya delante de Gravina, vira en redondo para equilibrar la pelea, pero al notarlo los navíos inglese Dreadnought, Poliphemus y Thunderer arriban á todo trapo sobre los españoles, teniendo el San Ildefonso que arriar la bandera después de una defensa desesperada.
El Príncipe de Asturias se queda solo, el brazo de Gravina a sido arrancado, y los palos de mesana y  mayor amenazan con venirse abajo. Pero el San Justo y Neptune consiguen llegar hasta el. Gravina indica a la fragata Thémis que lo remolque y dá instrucciones a los demás barcos que puedan navegar, que lo sigan hasta Cádiz.
Con 11 navíos casi destrozados pone rumbo a Cádiz. Atrás queda el San Juan Nepomuceno, desarbolado , acribillado, y muerto su comandante Cosme Damián Churruca. Una bala de cañón lo derribó, pero el se levantó diciendo "Esto no es nada, siga el fuego", al poco tiempo muere desangrado. El San Juan Nepomuceno es apresado al no poder seguir a Gravina.

            Nelson a muerto y Collingwood manda ahora la flota británica. Las últimas órdenes de Nelson es que la flota anclara ante el temporal que se avecina, pero Collingwood no ancla la flota. Durante casi una semana, la tempestad que azota la costa de Cádiz fue peor que el combate sucedido.
El Redoutable, que es remolcado por el Swiftsure, se hunde con muchos de los heridos todavía abordo.
El Bucentaure, sin mástiles, encalla en la playa cercana al puerto. Los tripulantes son británicos que conducen la presa hacia Gibraltar. Estos son acogidos con hospitalidad por los gaditanos (que diferencia con los pobres miembros de la Armada Invencible, que siglos atrás, naufragaron en las costas inglesas y fueron asesinados).
Desde Cádiz salen varios navíos para intentar recuperar a los apresados. Son:  Asís, Montañés, San Justo y Rayo que salen en busca del Santa Ana; Más adelante se les une dos navíos franceses. El Santa Ana es recuperado pero debe ser remolcado a causa del mal estado del casco por la fragata Themis.
El rayo es arrastrado a la costa y allí embarranca, igual que el San Francisco, Monarca y Neptuno.

Las perdidas españolas fueron de 1.022 muertos y 1.383 heridos.
Las británicas de 1609 muertos ó heridos, y los franceses perdieron más de 3000 hombres y más de 1000 fueron heridos.

El número total de capturados, entre franceses y españoles, sumaba unos 8.000.
La victoria sobre el combinado franco-español permitió a Inglaterra tener la supremacía naval en los siguientes 100 años.