Le troisième aspect concerne l'ouverture et la gestion d'une période transitoire. En ce qui concerne la forme l'Etat, la confrontation a eu lieu entre la nation "d'Etats unitaires" et la notion "d'union des composantes insulaires". Au terme d'un débat où la passion l'emportait souvent sur le réalisme, il a été convenu une nouvelle appellation : L'Union des Iles Comores.

La discussion sur les structures, les rapports et les domaines de compétence, a plongé le débat dans un océan où le droit institutionnel a atteint sa plénitude.

Il a été retenu les propositions suivantes, qui sont susceptibles de modification :
1) Un exécutif national à la tête duquel se trouve le Président de l'Union, élu par l'Assemblée Nationale, investi d'un rôle purement symbolique dans les futures institutions. Le siège de Président de l'Union est tournant. La durée son mandat est à déterminer.
2) Le gouvernement de l'Union est composé de commissaires dirigés par premier un commissaire nommé par le Président et investi par l'assemblée nationale. La représentativité équitable  au niveau insulaire est requise.
3) Le pouvoir législatif est constitué par l'Assemblée Nationale unique, composée de moitié par des représentants des élus locaux et de moitié par des  élus au suffrage universel direct, avec un quota réservé à chaque île.
4) Domaines de compétence :
- Domaine de l'Union : la défense, la monnaie, la diplomatie.
- Domaine partagé entre les îles : la coopération.
5) La période transitoire :
Un gouvernement de transition doit être mis en place dans un délai n'excédant pas deux semaines, à compter  de la date de signature de l'accord qui sera issu de la Conférence d'Antananarivo. Le Chef du Gouvernement et les membres seront désignés de façon consensuelle par les partis politiques signataires de l'accord. Tout membre de cet exécutif ne peut être présenté au futures élections présidentielles.

Tous ces propositions seront consignées dans un projet d'accord qui sera débattre en séance plénière. La fermeture des travaux de la Conférence est prévue vendredi 23 avril 1999 après signature de l'accord définitif.
 

La secrétaire Générale