Il poursuit ses etudes d'art tout en continuant a dessiner. A partir de 1988, ses histoires sont publiees dans les magazines de la Shogakuhan et de Kadokama. En 1997, les editions Shueisha publient Hito, un recueil de toutes les oeuvres de jeunesse, ou il commence a explorer ses themes de predilection .

Deux nouvelles sont liees thematiquement: Kaiyosei (la planete oceanique des monstres) et Hito (L'etre prenant son envol). Dans Kaiyose l'auteur se penche sur un classique de la science-fiction : la peur de l'inconnu. Une terreur qui mene le heros, un jeune plongeur sous-marin, a la folie. Kishiro pose dans ses nouvelles jeunesses les bases de ses 2 oeuvres majeures. On retrouve dans Hito1, le reve d'ascension de Yugo a travers la rencontre entre un ange qui ne sait pas voler et Laibolo, un jeune voyou qui en reve. Autre element precurseur de Gunnm la ville celeste batie dans une main mecanique. Ces 2 nouvelles sont liees tout comme leurs 2 univers sont opposees. On y retrouve les profondeurs sombres de la mer dans Kaiyosei et une cite dans les airs. Le decors de Gunnm s'esquisse deja... Contrairement à Zalem, il régne dans cette ville, une harmonie tranquille et les robots ne sont pas la que pour son bon fonctionnement. Dans Dai Machine (la machine maléfique) en 1989, la machine est la reelle heroine. Avec ce recit, Kishiro tente d'une autre façon le chemin qui mene a la folie : la decouverte de la verite. Ce sera un des themes les plus recurent dans Gunnm.

    En 1990, Kishiro tente une parodie de super heros dans un Tokyo de 2050, Mirai Tokyo Headman (l'homme tete du Tokyo futuriste). Dans ce monde, une societe invente un systeme pour changer de corps a volonte. Mais les enjeux de pouvoir vont semer la guerre dans la rue. Uchu Kaizoku Shonen Dan (les jeunes pirates de l'espace) raconte les aventures de 2 jeunes amis partis dans leurs vaisseaux "faits maison" a la recherche de tresor. Apres 2 episodes, ils devront se plier aux regles de la piraterie, un veritable metier officialise ! En 1991, Kishiro Yukito reprend une histoire à peine crayonnee, prevue en 2 parties: Rainmaker qui deviendra Gunnm. Publiée dans Ultra Jump, la serie comptera 9 tomes. Le dernier tome de Kishiro traduit en français est Haisha chez Glenat (Ashen Victor en anglais chez Viz Comics). Mettant en scene un joueur de Motorball (element qui vient de Gunnm), l'auteur conserve un peu de l'univers de Gunnm. Le heros est encore plus sombre et le graphisme est encore plus noir et dur, encore plus extreme. Le decoupage et l'utilisation des noirs nous rappelle les oeuvres de Frank Miller.

    Autre prolongements de des errances de Gally, Gunnm Gaiden, est un recueil d'histoires inedites (paru dans Ultra Jump, Shueisha, 1997) qui est malheureusement introuvable en France, tout comme le roman eponyme contenant des illustrations inedites. Kishiro Yukito a entame un nouveau manga: Aqua Knight Tankobon publie toujours dans Ultra Jump de 98. Il continue dans le meme univers, installant une saga se deroulant une centaine d'annees plus tard.

    Pour Gunnm Gaiden, Glenat avait annonce il y a longtemps qu'il sortirait dans l'annee 2000.(En Jap) Mais apparement Glenat prefere de sortir des anciens tomes avec des pages en plus plutot que de Gunnm Gaiden.